Saku Gümnaasiumi õpilastel on lisaks kohustuslikele õppeainetele võimalik õppida erinevaid valikaineid.
Valikkursuste pakkumisel on arvestatud õpilaste soove ja kooli võimalusi ning valikainete loend võib õppeaastati olla pisut erinev. Iga õppeaasta märtsis avaldatakse kooli kodulehel järgmise õppeaasta valikainete teatmikud.
Põhikooli õpilastel on valikainetena võimalik valida koorilaulu (mudilaskoor, lastekoor, poistekoor), pillimängu, matemaatikat, inglise keelt, ettevõtlusõpet. 3., 4., 6. ja 8.klassi õpilased teatavad oma järgmise õppeaasta valikaine (välja arvatud koorilaul) klassijuhatajale igal õppeaastal mai lõpuks.